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CDISC : Harmoniser les essais cliniques

Nicolas de Saint Jorre

8 mars 2002
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 L'organisation du CDISC

  Operational Data Model

  Submission Data Model (SDM)


Les groupes de travail se partagent en deux grands groupes, en fonction de la provenance de l'information :

L' " Operational Data Modeling Team " (ODM) est en charge de la mise en place des standards sous la forme de DTD (Document Type Definition), une sorte de dictionnaire au format XML.

Il doit permettre :

  • L'acquisition des données depuis un cahier d'observation (papier ou électronique), depuis un laboratoire central, une CRO (Clinical Reseach Organisation),…
  • L'échange des données entre les différents intervenants du secteurs de la recherche biomédicale,
  • L'archivage des données issues d'études cliniques.

Le " Submission Data Standards Team " (SDM) est quant à lui, en charge de la mise au point du modèle des Metadata (données des données).

  Operational Data Model

En octobre 2001, le CDISC a distribué pour commentaires et pour tests initiaux, le modèle de données opérationnel " ODM (version 1.1) " sous la forme d'une DTD (XML DTD for clinical data interchange ad archive).

Ce modèle définit de façon très précise trois types d'information en rapport avec un essai clinique :

  • Métadata d'un essai clinique : Study (définition d'un protocole et des items),
  • Données administratives d'un essai clinique : AdminData (droits d'accès et profils utilisateur),
  • Données cliniques d'un essai : ClinicalData (données cliniques complètes avec notion d'audit).

Cette DTD définit également les données de référence, utilisées notamment pour les valeurs normales des examens de laboratoire (ReferenceData).


Figure 1 : Sections principales du modèle

Chaque section inclus également des informations permettant de préciser les éléments définissant le modèle. Par exemple, la section " Study " est définit par des variables globales (le nom de l'étude, une brève description du projet, la référence du protocole,…), des définitions basiques (comme les unités de mesure) et par une définition sous forme de métadata de l'étude (comme les visites prévues par le protocole, les formulaires associés à chaque visite et les informations à recueillir dans chaque formulaire).
Toutes ces informations sont organisées de façon hiérarchique afin de prendre en compte le suivi des différentes révision du modèle.
De la même façon, la section " Données Cliniques " définit, pour un patient donné, l'ensemble des informations cliniques attendues (StudyEventData, FormData, ItemGroupData, ItemData). Cet ensemble suit étroitement le modèle des métadatas.

  Submission Data Model (SDM)

Le Submission Data Model (SDM) est actuellement en version 2.0 depuis Novembre 2001. Ce document est un guide pour l'organisation, le contenu et la mise en page des dossiers de soumission pour la FDA (Food and Drug Administration). Le CDISC prévoit d'ajouter des nouveaux modèles pour d'autres types d'analyses mais également pour des rapports de pharmacocinétique et de pharmacodynamique, ainsi que des rapports d'efficacité pour certaines aires thérapeutiques.
Le but premier du modèle Métadata (données au sujet des données) est de fournir aux responsables réglementaires une description claire de la structure, des attributs et du contenu de chaque donnée, de chaque variable d'une base de donnée. Ce modèle correspond bien évidemment au minimum d'information à fournir à la FDA. Avec un tel document, les responsables réglementaires peuvent reproduire la plupart des analyses, des tables, des graphiques et des rapports avec un minimum ou pas de transformation et sans aucune programmation particulière. Le promoteur d'un essai clinique dispose ainsi de conventions pour nommer un certain nombre d'éléments classiquement utilisés en recherche biomédicale. Le groupe espère ainsi bénéficier d'un dictionnaire de codage standard ne compromettant pas les objectifs scientifiques de toute recherche.

En partant du " NDA (New Drug Application) " de la FDA, le groupe " Submission Data Standards " du CDISC a implémenté un certain nombre d'amélioration en proposant les définitions de fichier de données suivantes :

  • Le nom du fichier de données : nom sur 8 caractères fourni par le promoteur pour nommer le fichier de données (exemple : DEMO, AE ou ECG). La FDA recommandera des noms standards pour les fichiers les plus communs,
  • Description :cette colonne contient une description plus détaillée de l'information contenu dans le fichier de données (exemple : " Demographics and Subject Characteristics DM),
  • Localisation : il est précisé ici le répertoire et le nom du fichier de données permettant la localisation du document (exemple : Demo.xpt),
  • Structure : Ce champ décrit la " forme " du fichier de données. Par forme, il faut entendre représentation de l'enregistrement par rapport à la notion de patient, de visite, par événement (par exemple : un enregistrement par patient et par visite). La structure d'un fichier de données dépend du type de donnée, de l'indication et/ou de la préférence du relecteur,
  • Objectif : cette colonne définie le but du fichier (soit " CRT (Case Report Tabulations) ", soit " Analysis "),
  • Index : Cette colonne est utilisée pour identifier de façon unique chaque enregistrement d'un fichier de données. La plus part des fichiers présentent entre 3 et 5 clés (exemple : USUBJID, VISIT).

Exemple de définition des fichiers de données :

Dataset Description Location Structure [optional] Structure [optional] Keys
DEMO Demographics and Subject Characteristics DM Demo.xpt Demo.xpt CRT USUBJID
AE Adverse Events AE Adv.xpt 1 Rec per subject per adverse event occurence CRT USUBJID, AESEQ

Le modèle précise ensuite l'ensemble des variables de chaque fichier. Certaines variables devraient se retrouver dans la plupart des dossiers.

 



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