A la suite de cette proposition, des centaines de réponses ont afflué sur le site du NIH, et d'autres ont été publiés sur des sites comme celui de The Scientist, du New York Times, de Nature ou du British Medical Journal.

Certains scientifiques félicitent Harold Varmus pour son initiative, d'autres sont plus réservés. Quelques réactions sont franchement critiques, telles celles des éditeurs de revues scientifiques comme le Dr Kassirer, éditeur du New England Journal of Medicine (240 000 abonnés). Les éditeurs craignent un bouleversement radical de leur activité et des conséquences fâcheuses pour les sociétés d'éditions. Certains envisagent la disparition de plus de la moitié des revues biomédicales si le projet aboutissait.

L'idée de la publication d'articles sur Internet n'est pas nouvelle. Des revues scientifiques de haut niveau telles que Nature ou Science sont déjà accessibles sur le Web, mais l'accès n'est pas gratuit. Qui voudrait payer un accès en ligne ou un abonnement, si le contenu était disponible gratuitement sur le site d'E.Biomed ? A cela le Dr Varmus répond qu'il existe d'autres solutions pour trouver des financements, et que la société ne doit pas freiner l'accès à la connaissance de la communauté scientifique.

Cette discussion n'est d'ailleurs pas réservée au domaine médical. Une bataille similaire s'engage également autour de la publication des magazines d'actualité, dans laquelle les partisans du on line se heurtent à ceux, plus conservateurs, de l'édition papier.

Le Pr Cox, biochimiste à l'université du Wisconsin, fait partie des détracteurs. "The publication of an electronic journal, supported by the NIH (…), is among the very worst ideas I have ever heard".

Certains scientifiques critiquent la procédure de validation allégée. Ils craignent que la dissémination d'informations non vérifiées ne jette une certaine confusion dans l'esprit des chercheurs. D'autres appréhendent, la création d'un mode de publication "au rabais". Les scientifiques reconnus ne voudraient pas utiliser cette filière peu valorisante, vers laquelle se dirigeraient les chercheurs débutants ou ceux dont les travaux sont discutés.

La mise en ligne d'articles sur Internet avant publication est déjà couramment pratiquée, notamment par les physiciens et les mathématiciens, sur le site du Los Alamos National Laboratory. Mais les détracteurs de la méthode soulignent que le contexte est différent dans le cas d'articles médicaux, car leur publication peut avoir des conséquences sur la santé des patients. L'intérêt du processus de soumission à un comité d'experts et de révisions successives est d'améliorer la qualité des articles et de tempérer l'enthousiasme des auteurs, parfois peu objectifs sur les résultats de leurs travaux.

D'autres scientifiques craignent une augmentation de l'influence du gouvernement américain sur les publications scientifiques. Les chercheurs non anglophones sont déjà amenés à publier en anglais pour que les résultats de leur travaux soient diffusés au niveau international, mais il existe des revues scientifiques non américaines de bonne réputation. L'existence d'un site de référence tel qu'E.Biomed, financé par les pouvoirs publics américains, donnerait aux Etats Unis un pouvoir d'arbitrage important sur ce qui doit être publié ou non.